Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan Provinsi Kalimantan Timur yang didirikan pada tahun 1950, pada waktu itu disebut Jawatan Kehewanan Keresidenan yang di pimipin oleh drh. Saleh Puspo dengan pusat di kota Banjarmasin, kemudian Pemerintah mengeluarkan Undang-undang Nomor 25 tahun 1956 untuk mengatur empat daerah otonom yaitu :
1. Daerah Swantantra Tingkat I Kalimantan Timur
2. Daerah Swantantra Tingkat I Kalimantan Barat
3. Daerah Swantantra Tingkat I Kalimantan Tengah
4. Daerah Swantantra Tingkat I Kalimantan Selatan

Adapun yang pernah menjabat sebagai Kepala Dinas pada Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan Provinsi Kalimantan Timur adalah sebagai berikut :
1. drh. Saleh Puspo : 1950 – 1952
2. drh. R. Soejipto Soenartohadi : 1952 – 1964
3. drh. Soehaji : 1964 – 1976
4. drh. Eddy Dartoyo : 1976 -- 1984
5. drh. Hadi Soenarto : 1984 – 1988
6. Ir. Erik Nursyahramdani : 1988 – 1998
7. Ir. Munief Muchsinin : 1998 – 2004
8. Ir. H. Amsyaruddin. MKS, M.M : 2004 – 2006
9. Ir. Syahtiar, M.Si : 2007 – 2009
10. Ir. H. Ibrahim, M.P : 2009 – 2012
11. drh. H. Syaiful Akhyar, M.Si : 2012 – 2013
12. Ir. H. Dadang Sudarya, M.MT : 2013 – 2021
13. H. Munawwar, S.T., M.Si : 2021- 2022
14. H. Fahmi Himawan, S.T., M.T : 2022 - Sekarang